第一、流式細胞術可以用來檢測細胞表面以及胞內的各種標志，對細胞進行分群鑒定以及各種蛋白表達量高低的比較。比如CD3是T細胞的標志、CD19是B細胞的標志、EpCAM是上皮細胞的標志等。不僅僅是免疫細胞，其他的如腫瘤細胞、成纖維細胞、干細胞等都可以用流式細胞術進行檢測。實體組織只要經過處理后制成單細胞懸液也能用流式細胞術進行分析和分選。
 

    第二、通過標記Ki67、BCL-2、caspases等增殖及凋亡相關基因，流式細胞術可用來檢測細胞的增殖以及凋亡。此外還有CFSE、以及PI-annexin V等染料，可用來進行增殖和凋亡分析，在藥物對腫瘤影響的研究過程中應用廣泛。
 

    第三、流式細胞術可用來分析細胞周期。細胞核DNA含量隨著細胞增殖周期時相的不同而發生變化，用DNA染料進行染色，DNA含量多，熒光信號強，DNA含量少，熒光強度低。通過對細胞瞬間的快速測定，判斷細胞所處的細胞周期時相，并分析群體細胞中處于不同周期時相的細胞比例，以研究細胞的周期，DNA復制和染色體倍性等。在腫瘤學研究中尤其常用，可以此來判斷藥物對腫瘤細胞影響、腫瘤的生長速度與患者預后等。
 

    第四、流式細胞術可用于疾病診斷中病原微生物的檢測，以及環境中飲用水、湖泊、河流、原油中的微生物和海洋微生物檢測等。
 

    第五、流式細胞術還可用于農林畜牧養殖業，如依據DNA含量，用于玉米、向日葵、葡萄等的倍性鑒定，分選X、Y精子以控制家畜性別。
 

    除了以上常用的幾個方面，還有很多其他的用法。實驗猿們繼續探索吧