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DO MORE with LESS | 用聲波玩轉單細胞測序

點擊次數:1682 更新時間:2020-08-03

 

單細胞測序技術起始核酸材料極少,步驟比普通NGS繁雜,實驗周期更長,難度和風險也更大。重現性和成功率是一大考驗。單細胞測序方法眾多,除了商品化試劑盒,許多研究人員也會針對自己關注的特征開發全新的技術。另一方面,開展腫瘤異質性等針對細胞群體的研究越來越普遍,這需要對大批量細胞進行逐一的測序和解析。如果按照試劑盒常量/rxn,手工完成每一個細胞的實驗,勞力和成本都難以承受。

 

Echo硬核的聲波移液技術技術,通過能量控制準確的納升級液體轉移,噴射液滴單位可以低至2.5 nL。其非物理接觸、準確小量移液、高速度的特征,決定了Echo非常適合解決單細胞測序中遇到的超高通量、技術靈活多變、反應scale-down成本控制、交叉污染等問題。

 

非物理接觸

     ·  樣本完整性

     ·  無吸頭消耗

     ·  降低交叉污染風險

移液的靈活性

     ·  2.5 /25 nL 每滴

     ·  200-500 滴/秒

     ·  任意孔至任意孔移液

移液條件溫和

     ·  DNA/RNA/蛋白等生物大分子

 

以結合SMART-Seq cDNA文庫制備及Nextera XT 測序文庫制備的單細胞RNA-seq實驗為例。SMART-Seq反應體系(50 uL)可以由Echo縮小4,5,8,10,16,20至32倍,Nextera XT 試劑盒可縮小10倍(50 uL至5 ul)使用。值得注意的是,SMART-seq cDNA文庫制備中,常量反應總體積為50 ul, 縮小32倍后反應總體積僅僅只有1.75 uL,還不及一個常量反應中逆轉錄酶使用量大。借助Echo,一個96 rxn的試劑盒將具備完成3072 rxn的可能。

 

Echo可以完成

 微量化的單細胞基因組放大3

 微量化的單細胞測序文庫制備

 微量化的文庫濃度質控

 一步法文庫Normalization&Pooling

 Better together—— Echo plus Biomek自動化單細胞測序方案

 

基于Echo的單細胞文庫制備不受待測細胞數目的限制,支持各種試

Better together—— Echo plus Biomek自動化單細胞測序方案

基于Echo的單細胞文庫制備不受待測細胞數目的限制,支持各種試劑盒的靈活組合和NGS建庫方法學DIY。做你想做的,測你想測的,提供scale-down的微量化反應體系和scale-up的自由度。

 

將Echo聲波移液工作站與Biomek i-系列自動化工作站結合,可實現更高自動化程度的單細胞測序實驗。Echo完成文庫制備中涉及的微量化反應體系構建, 由Biomek自動化工作站配合實現文庫 Agencourt SPRIselect磁珠PCR clean-up和片段篩選。實驗流中產生的數據均可查可溯,保證文庫信息安全可靠。

 

 

參考:

        1. US Patent 6938987

        2. US Patent 6938995

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